病毒学反应
患者接受抗病毒治疗后的病毒学反应分为以下几种类型：
1、病毒完全抑制（即治疗成功）。指初始治疗持续24周后HIV RNA水平（病载）低于检测设备的最低检测值。（中国通常以小于50拷贝/ml为标准。地坛医院标准为小于40拷贝/ml） ，并在持续治疗阶段一直保持这个水平。
2、病毒学失败。指接受抗病毒治疗24周后，连续两次血浆HIV RNA（病载）>400拷贝/ml（中国标准）。需要注意的是患者治疗期的基线病载水平高低会影响到病毒完全抑制的时间，某些抗病毒药物组合也会比其他方案需要更长时间才能够完全抑制病毒。
3、病毒反弹。指病毒曾经被完全抑制，但目前可以检测到HIV RNA（病载）>400拷贝/ml（中国标准）。
4、一过性病毒血症。病毒被完全抑制后，偶尔一次可以检测到HIV RNA（病载）>400拷贝/ml（中国标准），但随后又回到检测线以下。
5、持续低水平病毒血症。病毒载量可以检出，但HIVRNA小于1000拷贝/ml。
由于世界各国和各国际机构对于病毒学抑制和病毒学失败的定义不尽相同，使用的设备精度及灵敏度不同，因此各地区各国的界定标准不一致。如：
国际抗病毒协会：
病毒学抑制：小于50拷贝/ml，病毒学失败：大于200拷贝/ml
美国健康与人类服务部：
病毒学抑制：小于50拷贝/ml，病毒学失败：大于200拷贝/ml
欧洲临床艾滋病学会：
病毒学抑制：小于50拷贝/ml，病毒学失败：大于50拷贝/ml
世界卫生组织：
病毒学抑制：小于50拷贝/ml，病毒学失败：大于1000拷贝/ml
南非艾滋病临床医师协会：
病毒学抑制：小于50拷贝/ml，病毒学失败：大于1000拷贝/ml
目前，国际上多数研究是以治疗后病载在50-1000拷贝/ml定义为低病毒血症。
免疫学失败
无论病载是否被完全抑制，感染者在接受抗病毒治疗后，CD4计数降到治疗前的基线水平或以下，或持续低于100个/mm³（中国标准），均考虑发生了免疫学失败。
通常情况下，经过抗病毒治疗后，在病毒被完全抑制的情况下，HIV感染者的CD4计数会逐渐上升，平均每年上升50~150个/mm³。
CD4计数增长速度通常在治疗后的前3个月里增长较快，并在其后的时间里逐渐增长，直至达到正常值（大于500个/mm³）并进入平台期。
但是也有15%~20%的感染者，由于治疗前CD4计数水平较低（小于200个/mm³），因此即便是在病毒载量被完全抑制的情况下，其CD4计数仍然难以达到正常水平，往往就在CD4计数较低的水平上即进入平台期。
持续低CD4计数水平会增加感染者合并罹患其他疾病以及死亡的风险。因此，CD4计数在无法获得病毒载量检测的情况下，可以作为监测抗病毒治疗效果的指标之一。
临床失败
有效进行抗病毒治疗6个月以后，之前的机会性感染重新出现，或者出现预示临床疾病进展的新的机会性感染或恶性肿瘤，或者出现新发或复发的WHO临床分期IV期疾病，可考虑发生了临床失败，但需要注意以下几点：
1、应与免疫重建综合征区别。免疫重建综合征的特征是艾滋病有效的抗病毒治疗开始后几周出现机会性疾病的症状和体征，是针对既往亚临床机会性感染出现的炎症反应，这种免疫学重建也可能会导致一些机会性感染的非典型出现。
2、结核病的复发。结核病的复发不一定表明HIV感染的进程，因为还可能再次感染结核病。这需要临床评估。
治疗失败原因的鉴别
病人出现治疗失败的原因有很多种，而区分治疗失败的原因非常重要，因为不同原因造成的治疗失败，接下来的处理方式也有所不同。
1、依从性不良。抗病毒治疗的依从性对病毒抑制的效果影响非常大，提高依从性可以减少耐药发生，并对提高生存率和生活质量有着重要的作用。有研究表明，依从性不佳和药物不良反应导致28%~40%的治疗失败和治疗中断。影响依从性的因素较多，包括文化水平低、某些年龄因素（如老年人认知障碍，儿童等）、社会心理因素（如抑郁、焦虑、无家可归、缺乏社会支持等）、社会歧视、正在吸毒、酒精依赖、服药困难（如吞咽困难，服药方案过于复杂、服药过于频繁、服药对食物的要求等）、药物不良反应、对疾病以及治疗的认知程度等，都有可能影响感染者依从性。因此，对于治疗失败的患者应首先评价其依从性。对于依从性欠佳导致治疗失败者，应尽可能找到影响依从性的原因，帮助解决并加强依从性教育，纠正依从性。
2、药物不良反应。对治疗失败的患者需要评价其现有方案的耐受情况及不良反应的严重程度和时程，需要注意，即使很小的不良反应也有可能影响依从性而导致治疗失败。对因不良反应导致治疗失败但没有出现耐药者需要对症处理（如止吐、止泻、抗过敏等），如必要，需要更换引起不良反应的药物。对于出现耐药的，应调整药物方案。
3、药物代谢动力学影响。有部分治疗失败患者与药代动力学问题有关，应回顾其所用药物服药时对食物的要求。回顾近期的胃肠道症状（如呕吐、腹泻）以评价短期药物吸收不良的可能性。回顾其所有合并用药及饮食构成，评价可能的药物相互作用以及食物成分对药物效力的影响，如有需要，更换或避免使用产生相互作用的药物和食物。
4、耐药。当持续治疗的患者出现大幅病载反弹，应怀疑耐药发生的可能性，需要做耐药检测，并根据耐药结果调整药物。由于耐药有累积的趋势，因此评估耐药时应考虑之前的所有治疗用药史和基线耐药检测结果。